大きな違いとして、医療費の問題があります。
医療費は診療内容によって点数で計算されます。
健康保険の場合は1点10円ですが、自由診療の場合は病院が自由に決めることができます。
仮に1点15円で、医療点数が10万点なら、健康保険を使った場合は治療費は100万円で、自由診療では150万円になります。
さらに、健康保険は通常3割負担ですのでその差は120万円ということになります。
1点が20円、30円というところも珍しくはありません。
これが、保険会社が被害者に自由診療から健康保険に切り替えるよう促す理由です。
また、健康保険の診療では、診療内容や薬についての制限がありますが、自由診療ではそういった制限はありません。
損害の額が自賠責保険の中で収まるようであれば自由診療でも問題ありませんが、加害者が自賠責保険に未加入の場合などは健康保険を検討したほうが良いでしょう。